¿Cuál es la diferencia entre la alineación global y local?


Respuesta 1:

Digamos que tienes 2 cadenas:

abcdefghijkazzzzzdefzzzk

La alineación global le brinda una alineación de las dos cadenas con la mínima distancia de edición:

abc- - -defghijkazzzzzdefzzz-k

Esta alineación, aunque interesante, agrega mucho ruido con respecto a la alineación. Tiene largos tramos de adiciones, eliminaciones y cambios que son difíciles de analizar. Sería bueno tener un algoritmo que devuelva solo el subconjunto de la alineación que sea el más similar.

La alineación local hace justamente eso. Devuelve una alineación de subconjuntos de las cadenas iniciales que tienen la distancia mínima de edición. En el ejemplo anterior, la alineación sería:

defdef

Tengo entendido que, en aplicaciones biológicas, la alineación local tiende a ser más útil. Por ejemplo, si desea comparar dos cromosomas para encontrar genes comunes, la alineación local proporcionaría más directamente información sobre secuencias de ADN que probablemente sean genes.